目的 系统评价人乳头状瘤病毒（HPV）感染与喉咽鳞状细胞癌的相关性并探索该疾病预后的潜在指标。方法  计算机检索PubMed、Embase、The Cochrane Library、中国知网、中国生物医学文献数据库、维普和万方数据库，检索时限均从建库至2020-11-30。由2位评价员独立筛选文献、提取资料并评价纳入研究的偏倚风险后，采用Stata15.1及RevMan 5.3软件进行Meta分析。从GEO数据库获取HPV相关头颈癌的芯片数据进行差异基因分析，并对这些基因进行功能注释。利用GEPIA数据库得到生存相关的关键
基因。结果 共纳入11篇文献，包含喉咽鳞状细胞癌患者1245例，合并后HPV总阳性率为12%（95%CI : 6%～19%）。亚组分析结果，国内喉咽鳞状细胞癌患者HPV阳性率为19%（95%CI : 12%～26%），较国外患者HPV阳性率为10%（95%CI : 2%～18%）高（P <0.05）；不同检测技术，聚合酶链式反应（PCR）+原位杂交（ISH）的HPV阳性率为18%，较单纯ISH及PCR检测HPV阳性率高（P <0.05）；男女喉咽鳞状细胞癌患者HPV阳性率无明显差异（P >0.05）；合并预后HR=0.33（95%CI : 0.14~0.79）（P<0.05）。对HPV阴性及阳性的头颈癌患者差异基因进行GO和KEGG富集分析表明，这些差异基因与多种重要通路有关。GEPIA对Top10显著差异基因进行生存分析得到关键基因ZNF541、WNK3、TCP11及CCNA1。结论 国内喉咽鳞状细胞癌患者HPV阳性率高于国外，PCR+ISH组的HPV阳性率较PCR与ISH组阳性率高，HPV阳性患者预后好于HPV阴性患者。生存相关基因可与HPV共同参与头颈癌的预后评价并提供新的研究思路。